Ο Άγιος Νικόλαος Θάσου βρίσκεται στο Λιμένα, ακριβώς δίπλα από την αρχαία Αγορά. Τιμά τον άγιο-προστάτη των ναυτικών. Χτίστηκε το 835 μ.Χ. και μάλιστα για το χτίσιμό της χρησιμοποιήθηκαν υλικά από την αρχαία Αγορά. Όπως όλες τις εκκλησίες, μπορείτε να την επισκεφθείτε όποτε θέλετε.